Rotavirüsler ve Orthoreovirüsler

Genel Tanım

Rotavirus cinsinin üyeleri, 50-65 nm çapında non-enveloped ikosahedral kapsidde segmentli çift sarmallı bir RNA genomundan oluşur. Bu kapsid, çift katmanlı bir kabukla çevrilidir ve virüse bir tekerlek görünümü verir – bu nedenle rotavirüs adı. Tüm virüsün çapı yaklaşık 80 nm’dir.

Rotavirus ve Orthoreovirus, tipik olarak insan enfeksiyonu ile ilişkili Reoviridae familyasının iki cinsidir. Orthoreovirüsler, hücre kültürlerinde sitotoksik etki ile kolayca izole edilir. Rotavirus cinsi, serolojik olarak A-G olmak üzere yedi gruba ayrılmıştır, bunlardan her biri bir dizi alt gruptan oluşur; bu alt gruplardan bazılarının insana özgüdür, bazıları ise geniş bir hayvan spektrumunu enfekte eder. A-C grupları insanlarda bulunur ve A grubu en önemli insan patojenidir. Rotavirus A grubunun vahşi tip suşları hücre kültüründe kolayca yetiştirilmez, ancak çevresel örneklerin test edilmesi için bir dizi PCR tabanlı tespit yöntemi mevcuttur.

Rotavirüslerin ve Orthoreovirüslerin özellikleri şunları içerir:

• Segmente çift sarmallı RNA genomu
• Non-enveloped ikosahedral kapsid
• 50-65 nm çapında kapsid
• Çift katmanlı kabuk
• 80 nm çapında tüm virüs
• Reoviridae ailesinin üyeleri
• Rotavirüs: 7 serogrup (A-G)
• Orthoreovirüsler: Hücre kültürlerinde kolayca izole edilir
• Rotavirüs A grubu: En önemli insan patojenleri
• Rotavirüs A grubu: Hücre kültüründe yetiştirilmesi zordur
• Rotavirüs A grubu: Çevresel örneklerin test edilmesi için PCR tabanlı tespit yöntemleri

Rotavirüsler ve Orthoreovirüsler, aşağıdakiler dahil olmak üzere çeşitli hastalıklara neden olabilir:

• Gastroenterit (mide ve bağırsak iltihabı)
• Solunum yolu enfeksiyonları
• Diğer organ ve sistemlerin enfeksiyonları

Rotavirüs ve Orthoreovirüs enfeksiyonunu önlemek için aşağıdaki gibi önlemler alınabilir:

• Aşılama (rotavirüs için)
• İyi hijyen uygulamaları
• Kontamine gıda ve sudan kaçınma
• Enfekte kişilerden kaçınma

Rotavirüsler ve Orthoreovirüslerin İnsan Sağlığına Etkileri

İnsan rotavirüsleri, dünyada bebek ölümlerinin en önemli tek nedenidir. Tipik olarak, dünya genelinde hastanede yatırılan çocuklarda akut gastroenterit vakalarının %50-60’ı insan rotavirüslerinden kaynaklanmaktadır. Virüsler, ince bağırsağın villus hücrelerini enfekte eder ve sodyum ve glikoz taşımasını bozar. Akut enfeksiyon, ateş, karın ağrısı ve kusma ile birlikte şiddetli sulu ishalin ani başlangıcına sahiptir; dehidrasyon ve metabolik asidoz gelişebilir ve enfeksiyon uygun şekilde tedavi edilmezse ölümcül olabilir. Rotavirüs enfeksiyonlarının hastalık yükü son derece yüksektir.

Orthoreovirus cinsinin üyeleri birçok insanı enfekte eder, ancak tipik olarak “yetim virüsler”dir ve herhangi bir anlamlı hastalıkla ilişkili değildir.

Rotavirüsler:

• En önemli bebek ölüm nedenlerinden biri: Dünya genelinde hastaneye kaldırılan çocuklarda akut gastroenterit vakalarının %50-60’ına insan rotavirüsleri neden olur.
• Bağırsak sistemine zarar verir: Virüsler, ince bağırsağın villus hücrelerine bulaşarak sodyum ve glikoz taşınımını bozar.
• Akut enfeksiyonun belirtileri: Ani başlayan şiddetli sulu ishal, ateş, karın ağrısı ve kusma. Tedavi edilmezse dehidrasyon ve metabolik asidoz gelişebilir ve ölümcül olabilir.
• Yüksek hastalık yükü: Rotavirüs enfeksiyonlarının hastalık yükü son derece yüksektir.

Orthoreovirüsler:

• Birçok insanı enfekte eder: Orthoreovirus cinsinin üyeleri birçok insanı enfekte eder.
• Orphan virüsler: Ancak anlamlı bir hastalıkla ilişkili değildirler ve tipik olarak “orphan virüsler” olarak adlandırılırlar.

Kaynak ve Bulunma

İnsan rotavirüsleri, hastalar tarafından yaklaşık 8 gün boyunca gram dışkı başına 10^11’e kadar sayıda dışkı ile atılır. Bu, evsel atık suların ve insan dışkılarıyla kirlenmiş herhangi bir ortamın muhtemelen çok sayıda insan rotavirüsü içerdiği anlamına gelir. Virüsler kanalizasyon, nehirler, göller ve arıtılmış içme suyunda tespit edilmiştir. Orthoreovirüsler genellikle atık suda önemli miktarlarda bulunur.

Maruz Kalma Yolları

İnsan rotavirüsleri fekal-oral yolla bulaşır. Kişiden kişiye bulaşma ve havadaki insan rotavirüslerini veya virüs içeren aerosolleri soluma, kontamine yiyecek veya suyun yutulmasından çok daha önemli bir rol oynar gibi görünmektedir. Bu, hastanelerdeki çocuk servislerinde enfeksiyonların yayılmasıyla doğrulanır; bu, enfekte hastaların dışkısıyla kirlenmiş yiyecek veya suyun yenilmesiyle açıklanamayacak kadar hızlı gerçekleşir. Kirlenmiş suyun bulaşmada oynadığı rol, insan rotavirüsü enfeksiyonlarının yaygınlığı ve kirlenmiş suda bulunma oranı göz önüne alındığında beklenenden daha düşüktür. Bununla birlikte, ara sıra su kaynaklı ve gıda kaynaklı salgınlar tanımlanmıştır. Çin’de 1982-1983 yıllarında meydana gelen iki büyük salgın, kirlenmiş su kaynaklarına bağlanmıştır.

İçme Suyundaki Önemi

İçme suyu tüketimi en yaygın bulaşma yolu olmasa da, içme suyunda insan rotavirüslerinin bulunması halk sağlığı açısından bir risk oluşturmaktadır. Bazı kanıtlar, rotavirüslerin diğer enterik virüslere göre dezenfeksiyona karşı daha dirençli olduğunu göstermektedir. Su güvenliği planı kapsamında, insan rotavirüslerinden kaynaklanan potansiyel riski azaltmak için kontrol önlemleri, insan atıkları tarafından kaynak suyunun kirlenmesinin önlenmesine, ardından yeterli arıtma ve dezenfeksiyona odaklanmalıdır. İnsan rotavirüslerini gidermek için kullanılan arıtma süreçlerinin etkinliğinin doğrulanması gerekecektir. İçme suyu kaynakları ayrıca dağıtım sırasında kontaminasyondan korunmalıdır. Virüslerin dezenfeksiyona karşı daha yüksek direnç göstermesi nedeniyle, E. coli (veya alternatif olarak, termotoleran koliformlar) içme suyu kaynaklarında insan rotavirüslerinin varlığının/yokluğunun güvenilir bir göstergesi değildir.

Önemli Notlar:

• Rotavirüsler, içme suyunda diğer enterik virüslere göre daha dirençli olabilir.
• Su güvenliği planları, kaynak suyu kontaminasyonunun önlenmesine ve yeterli arıtma ve dezenfeksiyona odaklanmalıdır.
• İçme suyu kaynakları, dağıtım sırasında kontaminasyondan korunmalıdır.
• E. coli, insan rotavirüslerinin varlığının/yokluğunun güvenilir bir göstergesi değildir.

Bu bilgiler, içme suyundaki insan rotavirüslerinin risklerini anlamak ve azaltmak için önemlidir.

Seçilmiş Kaynaklar

• Baggi F, Peduzzi R (2000) Genotyping of rotaviruses in environmental water and stool samples in southern Switzerland by nucleotide sequence analysis of 189 base pairs at the 5′ end of the VP7 gene. Klinik Mikrobiyoloji Dergisi, 38:3681–3685.
• Gerba CP et al. (1996) Su kaynaklı rotavirüs: Bir risk değerlendirmesi. Su Araştırmaları, 30:2929–2940.
• Hopkins RS et al. (1984) Toplumu etkileyen su kaynaklı gastroenterit salgını: Ajan olarak rotavirüs için kanıt. Amerikan Halk Sağlığı Dergisi, 74:263–265.
• Hung T ve ark. (1984) Çin’de yetişkinlerde su kaynaklı yeni bir rotavirüsün neden olduğu rotavirüs diare salgını. Lancet, i:1139–1142.
• Sattar SA, Raphael RA, Springthorpe VS (1984) Rotavirüsün geleneksel olarak arıtılmış içme suyunda yaşaması. Kanada Mikrobiyoloji Dergisi, 30:653–656.

Kısaltmaların İngilizce ve Türkçe Anlamları

• 2,4-D: 2,4-dichlorophenoxyacetic acid – 2,4-D: 2,4-diklorofenoksiasetik asit
• 2,4-DB: 2,4-dichlorophenoxybutyric acid – 2,4-DB: 2,4-diklorofenoksibutirik asit
• 2,4-DP: dichlorprop – 2,4-DP: diklorprop
• 2,4,5-T: 2,4,5-trichlorophenoxyacetic acid – 2,4,5-T: 2,4,5-triklorofenoksiasetik asit
• 2,4,5-TP: 2,4,5-trichlorophenoxy propionic acid; fenoprop – 2,4,5-TP: 2,4,5-triklorofenoksi propiyonik asit; fenoprop
• AAS: atomic absorption spectrometry – AAS: atomik absorpsiyon spektrometresi
• Absor: absorptiometry – Absor: absorpsiyometri
• ADI: acceptable daily intake – ADI: kabul edilebilir günlük alım miktarı
• AES: atomic emission spectrometry – AES: atomik emisyon spektrometresi
• AIDS: acquired immunodeficiency syndrome – AIDS: Edinilmiş Bağışıklık Yetmezliği Sendromu
• AMPA: aminomethylphosphonic acid – AMPA: aminometilfosfonik asit
• ARfD: acute reference dose – ARfD: akut referans dozu
• ATX: anatoxin – ATX: anatoksin
• BDCM: bromodichloromethane – BDCM: bromodiklorometan
• BMD: benchmark dose – BMD: referans dozu
• BMDL: lower confidence limit on the benchmark dose – BMDL: kıyaslama dozunda daha düşük güven sınırı
• BMDLx: lower 95% confidence limit on the benchmark dose for an x% response – BMDLx: %x yanıt için referans dozda %95’lik daha düşük güven sınırı
• BTEX: benzene, toluene, ethylbenzene and xylenes – BTEX: benzen, toluen, etilbenzen ve ksilenler
• Bti: Bacillus thuringiensis israelensis – Bti: Bacillus thuringiensis israelensis
• bw: body weight – bw: vücut ağırlığı
• CAS: Chemical Abstracts Service – CAS: Kimyasal Özetler Hizmeti
• Col: colorimetry – Col: kolorimetri
• CPVC: chlorinated polyvinyl chloride – CPVC: klorlu polivinil klorür
• CSAF: chemical-specific adjustment factor – CSAF: kimyasala özgü ayarlama faktörü
• Ct: product of disinfectant concentration and contact time – Ct: dezenfektan konsantrasyonunun ve temas süresinin çarpımı
• CYN: cylindrospermopsin – CYN: silindirdrospermopsin
• DAEC: diffusely adherent E. coli – DAEC: yaygın olarak yapışan E. coli
• DALY: disability-adjusted life year – DALY: engelliliğe göre ayarlanmış yaşam yılı
• DBCM: dibromochloromethane – DBCM: dibromoklorometan
• DBCP: 1,2-dibromo-3-chloropropane – DBCP: 1,2-dibromo-3-kloropropan
• DBP: disinfection by-product – DBP: dezenfeksiyon yan ürünü
• DCA: dichloroacetic acid – DCA: dikloroasetik asit
• DCB: dichlorobenzene – DCB: diklorobenzen
• DCP: dichloropropane – DCP: dikloropropan
• DDT: dichlorodiphenyltrichloroethane – DDT: diklorodifeniltrikloroetan
• DEHA: di(2-ethylhexyl)adipate – DEHA: di(2-etilheksil)adipat
• DEHP: di(2-ethylhexyl)phthalate – DEHP: di(2-etilheksil)ftalat
• DNA: deoxyribonucleic acid – DNA: deoksiribonükleik asit
• DPD: N,N-diethyl-1,4-phenylenediamine sulfate – DPD: N,N-dietil-1,4-fenilendiamin sülfat
• EAAS: electrothermal atomic absorption spectrometry – EAAS: elektrotermal atomik absorpsiyon spektrometrisi
• EAEC: enteroaggregative E. coli – EAEC: enteroagregatif E. coli
• ECD: electron capture detector – ECD: elektron yakalama dedektörü
• EDTA: ethylenediaminetetraacetic acid; edetic acid – EDTA: etilendiamintetraasetik asit; edetik asit
• EHEC: enterohaemorrhagic E. coli – EHEC: enterohemorajik E. coli
• EIEC: enteroinvasive E. coli – EIEC: enteroinvazif E. coli
• ELISA: enzyme-linked immunosorbent assay – ELISA: enzime bağlı immünosorbent tahlili
• EPEC: enteropathogenic E. coli – EPEC: enteropatojenik E. coli
• ETEC: enterotoxigenic E. coli – ETEC: enterotoksijenik E. coli
• F₀: parental generation – F₀: ebeveyn nesli
• F₁: first filial generation – F₁: ilk evlat nesli
• FAAS: flame atomic absorption spectrometry – FAAS: alevli atomik absorpsiyon spektrometresi
• FAO: Food and Agriculture Organization of the United Nations – FAO: Birleşmiş Milletler Gıda ve Tarım Örgütü
• FD: fluorescence detector – FD: floresans dedektörü
• FID: flame ionization detector – FID: alev iyonizasyon dedektörü
• FPD: flame photodiode detector – FPD: alev fotodiyot dedektörü
• GAC: granular activated carbon – GAC: granüler aktif karbon
• GC: gas chromatography – GC: gaz kromatografisi
• GL: guidance level (used for radionuclides in drinking-water) – GL: kılavuz seviyesi (içme suyundaki radyonüklidler için kullanılır)
• GV: guideline value – GV: kılavuz değer
• HAA: haloacetic acid – HAA: haloasetik asit
• HAV: hepatitis A virus – HAV: hepatit A virüsü
• HCB: hexachlorobenzene – HCB: heksaklorobenzen
• HCBD: hexachlorobutadiene – HCBD: hekzaklorobutadien
• HCH: hexachlorocyclohexane – HCH: hekzaklorosikloheksan
• HEV: hepatitis E virus – HEV: hepatit E virüsü
• HIV: human immunodeficiency virus – HIV: insan bağışıklık yetersizliği virüsü
• HPC: heterotrophic plate count – HPC: heterotrofik plaka sayısı
• HPLC: high-performance liquid chromatography – HPLC: yüksek performanslı sıvı kromatografisi
• IARC: International Agency for Research on Cancer – IARC: Uluslararası Kanser Araştırma Ajansı
• IC: ion chromatography – IC: iyon kromatografisi
• ICP: inductively coupled plasma – ICP: indüktif olarak eşleşmiş plazma
• ICRP: International Commission on Radiological Protection – ICRP: Uluslararası Radyolojik Koruma Komisyonu
• IDC: individual dose criterion – IDC: bireysel doz kriteri
• IPCS: International Programme on Chemical Safety – IPCS: Uluslararası Kimyasal Güvenlik Programı
• IQ: intelligence quotient – IQ: zeka bölümü
• ISO: International Organization for Standardization – ISO: Uluslararası Standardizasyon Örgütü
• JECFA: Joint FAO/WHO Expert Committee on Food Additives – JECFA: Gıda Katkı Maddeleri Ortak FAO/WHO Uzman Komitesi
• JMPR: Joint FAO/WHO Meeting on Pesticide Residues – JMPR: Pestisit Kalıntılarına İlişkin FAO/WHO Ortak Toplantısı
• LC: liquid chromatography – LC: sıvı kromatografisi
• LOAEL: lowest-observed-adverse-effect level – LOAEL: gözlemlenen en düşük yan etki düzeyi
• LRV: log₁₀ reduction value – LRV: log₁₀ azaltma değeri
• MC: microcystin – MC: mikrosistin
• MCB: monochlorobenzene – MCB: monoklorobenzen
• MCPA: 4-(2-methyl-4-chlorophenoxy)acetic acid – MCPA: 4-(2-metil-4-klorofenoksi)asetik asit
• MCPB: 2,4-MCPB; 4-(4-chloro-o-tolyloxy)butyric acid; 4-(4-chloro2 methylphenoxy)butanoic acid – MCPB: 2,4-MCPB; 4-(4-kloro-o-toliloksi)bütirik asit; 4-(4-kloro2 metilfenoksi)bütanoik asit
• MCPP: 2(2-methyl-chlorophenoxy) propionic acid; mecoprop – MCPP: 2(2-metil-klorofenoksi) propiyonik asit; mekoprop
• MDL: method detection limit – MDL: yöntem tespit limiti
• MMT: methylcyclopentadienyl manganese tricarbonyl – MMT: metilsiklopentadienil manganez trikarbonil
• MS: mass spectrometry – MS: kütle spektrometresi
• MS/MS: tandem mass spectrometry – MS/MS: tandem kütle spektrometresi
• MTBE: methyl tertiary-butyl ether – MTBE: metil üçüncül-bütil eter
• MX: 3-chloro-4-dichloromethyl-5-hydroxy-2(5H)-furanone – MX: 3-kloro-4-diklorometil-5-hidroksi-2(5H)-furanon
• NDMA N-nitrosodimethylamine – NDMA N-nitrosodimetilamin
• NOAEL: no-observed-adverse-effect level – NOAEL: advers etkinin gözlemlenmediği düzey
• NOEL: no-observed-effect level – NOEL: etki gözlemlenmeyen düzey
• NTA: nitrilotriacetic acid – NTA: nitrilotriasetik asit
• NTP: National Toxicology Program (USA) – NTP: Ulusal Toksikoloji Programı (ABD)
• NTU: nephelometric turbidity unit – NTU: nefelometrik bulanıklık birimi
• PAC: powdered activated carbon – PAC: toz aktif karbon
• PAH: polynuclear aromatic hydrocarbon – PAH: polinükleer aromatik hidrokarbon
• PCE: tetrachloroethene – PCE: tetrakloroeten
• PCP: pentachlorophenol – PCP: pentaklorofenol
• PCR: polymerase chain reaction – PCR: polimeraz zincir reaksiyonu
• PD: photoionization detector – PD: fotoiyonizasyon dedektörü
• PDA: photodiode array – PDA: fotodiyot dizisi
• PMTDI: provisional maximum tolerable daily intake – PMTDI: geçici maksimum tolere edilebilir günlük alım miktarı
• PPA: protein phosphatase assay – PPA: protein fosfataz tahlili
• PT: purge and trap – PT: arındır ve tuzağa düşür
• PTDI: provisional tolerable daily intake – PTDI: geçici tolere edilebilir günlük alım
• PTMI: provisional tolerable monthly intake – PTMI: geçici tolere edilebilir aylık alım
• PTWI: provisional tolerable weekly intake – PTWI: geçici tolere edilebilir haftalık alım
• PVC: polyvinyl chloride – PVC: polivinil klorür
• QMRA: quantitative microbial risk assessment – QMRA: niceliksel mikrobiyal risk değerlendirmesi
• RNA: ribonucleic acid – RNA: ribonükleik asit
• SI: Système international d’unités (International System of Units) – SI: Système uluslararası d’unités (Uluslararası Birim Sistemi)
• SODIS: solar water disinfection – SODIS: güneş enerjisiyle su dezenfeksiyonu
• STX: saxitoxin – STX: saksitoksin
• sp.: species (singular) – sp.: türler (tekil)
• spp.: species (plural) – spp.: türler (çoğul)
• subsp.: subspecies (singular) – subsp.: alt tür (tekil)
• TBA: terbuthylazine – TBA: terbutilazin
• TCB: trichlorobenzene – TCB: triklorobenzen
• TCE: trichloroethene – TCE: trikloroeten
• TCU: true colour unit – TCU: gerçek renk birimi
• TD₀₅: tumorigenic dose05 , the dose associated with a 5% excess incidence of tumours in experimental animal studies – TD₀₅: tümörijenik doz₀₅, deneysel hayvan çalışmalarında tümör vakalarının %5 fazla olmasıyla ilişkili doz
• TDI: tolerable daily intake – TDI: tolere edilebilir günlük alım miktarı
• TDS: total dissolved solids – TDS: toplam çözünmüş katılar
• THM: trihalomethane – THM: trihalometan
• TID: thermal ionization detector; total indicative dose – TID: termal iyonizasyon dedektörü; toplam gösterge dozu
• UF: uncertainty factor – UF: belirsizlik faktörü
• UN: United Nations – BM: Birleşmiş Milletler
• UNICEF: United Nations Children’s Fund – UNICEF: Birleşmiş Milletler Çocuklara Yardım Fonu
• UNSCEAR: United Nations Scientific Committee on the Effects of Atomic Radiation – UNSCEAR: Birleşmiş Milletler Atomik Radyasyonun Etkileri Bilimsel Komitesi
• USA: United States of America – ABD: Amerika Birleşik Devletleri
• UV: ultraviolet – UV: ultraviyole
• UVPAD: ultraviolet photodiode array detector – UVPAD: ultraviyole fotodiyot dizisi dedektörü
• WHO: World Health Organization – DSÖ: Dünya Sağlık Örgütü
• WHOPES: World Health Organization Pesticide Evaluation Scheme – WHOPES: Dünya Sağlık Örgütü Pestisit Değerlendirme Planı
• WSP: water safety plan – WSP: su güvenliği planı
• YLD: years of healthy life lost in states of less than full health (i.e. years lived with a disability) – YLD: Sağlığın tam olmadığı durumlarda kaybedilen sağlıklı yaşam yılları (yani engellilikle geçirilen yıllar)
• YLL: years of life lost by premature mortality – YLL: Erken ölüm nedeniyle kaybedilen yaşam yılları